Lo spostamento lungo l’Adda della linea di confine con il Milanese cambiò il quadro strategico complessivo della parte orientale del dominio veneto e costrinse la Serenissima innanzitutto a rinforzare le difese di Bergamo dove fu ricostruita l’intera cinta muraria.

Per quel che riguarda Brescia fu invece deciso di riammodernare soltanto le difese del colle Cidneo.
Nel 1588 fu iniziata la costruzione di una nuova cerchia esterna a quella viscontea, che avrebbe dovuto in origine collegare il Prato della Biscia con la mezzaluna e lo sperone costruiti dai francesi.
Questa prima proposta progettuale fu poi abbandonata a favore della realizzazione di un’ampia cinta muraria bastionata.

Basandosi sul principio della difesa fiancheggiante la nuova cerchia fu dotata di due mezzi baluardi, detti di San Pietro e di San Faustino, con al centro un baluardo intero intitolato a San Marco.
La progettazione dell’opera fu affidata a specialisti delle fortificazioni quali il Lorini e il Savorgnan. Le postazioni da fuoco si trovavano lungo le mura protette da robusti parapetti chiamati merloni, oppure erano collocate su piazze rialzate al di sopra dei baluardi denominate cavalieri.
Perché la fortezza risultasse in caso di pericolo completamente autonoma, la si dotò di edifici adibiti a deposito di vettovaglie, di capaci cisterne, di nuovi alloggiamenti per le truppe, di edifici religiosi, di forni, di numerose polveriere.

Mai più coinvolto in vicende belliche il nostro castello cominciò a decadere, anche per l’aumentata potenza delle artiglierie e subì un inarrestabile degrado, accelerato dallo scoppio di una polveriera nel 1747.